اسرار الایات

از جمله مسائل مورد تأکید در حکمت متعالیه هماهنگی کامل عقل و دین است. یکی از آثاری که ملاصدرا برای اثبات این امر تألیف فرموده کتاب شریف اسرارالآیات است که عمده مطالب آن شامل مباحث اثبات ذات باری تعالی، معرفت صفات الاهی، نحوه صدور کثرت از مبداء تحقیق در نبوت و خلافت الهیه و برخی مباحث نفس و معاد است. در غالب مسائل پس از اشاره کوتاهی به دلایل عقلی و احیاناً اقوال مختلف، به تطبیق این مباحث با آیات و روایات پرداخته شده و از این جهت این کتاب یکی از آثار بسیار قابل ملاحظه صدرا است.مرحوم مولی علی نوری که از بزرگ ترین اصحاب حکمت متعالیه پس از صدرا است بر این کتاب به طور مفصل و در چندین مقطع زمانی حاشیه نوشته و کار صدرا را در  تطبیق حکمت متعالیه با آیات و احادیث تکمیل فرموده است. این تعلیقات اگر مفصل‌ترین اثر آخوند نوری نباشد مسلماً در زمره طولانی‌ترین آنهاست.